Der liebenswerte und tollpatschige Bär Paddington machte sich einst auf nach London, um die große Welt zu entdecken. Nun möchte er seine ältere Tante Lucy in seiner alten Heimat Peru besuchen, die dort in einem Seniorenheim für Bären lebt. Gemeinsam mit der Brown Familie rund um Mr. und Mrs. Brown, den Kindern Jonathan und Judy sowie Mrs. Bird macht sich Paddington auf die große Reise nach Südamerika. Erst einmal dort angekommen, entwickelt sich die Reise in ein großes Abenteuer, da ein Mysterium sie quer durch den Regenwald hinauf auf die höchsten Berggipfel Perus bringt.