Der neoromanische Bau zitiert neben Stilformen der Renaissance auch die des Barocks und gilt damit als Einzelfall vom großen kunsthistorischen Wert. Durch den erhöhten Standort ist das Gotteshaus weithin in der Stadt sichtbar und gilt als ihr Wahrzeichen. Ende des 13. Jahrhunderts wurde Todtnau zur eigenen Pfarrei erhoben und im August 1288 eine Steinkirche zu Ehren des heiligen Johannes des Täufers geweiht. Mehrfach brannten die Vorgängerkirchen nieder. Auch die unmittelbare Vorgängerkirche fiel einem verheerenden Brand am 19. Juli 1876 zum Opfer. Die Pfarrei St. Johannes Baptist gehört zur Seelsorgeeinheit Oberes Wiesental.
Zum 725-jährigen Pfarreijubiläum im Jahr 2013 wurde der hinter der Kirche befindliche Schöpfungsweg eingeweiht.